ビザ申請時に提出した証明書などで、入管から偽造したものだと指摘されたケースです。

偽造したのであれば、問題外です。平謝りで反省しなければなりません。
ただし、本物なら、その旨をを立証する必要があります。

多いのが本国で発行された証明書を提出したら、入管から偽造だと疑われることがあります。

ご本人にしたら、「なぜ？」と思うのも無理はありません。

しかし、過去にあったケースで言えば、証明書自体はしかるべき機関が発行した本物であったが、法令改正前のものだったことがあります。

入管は最新の法令に適用した証明書を求めるのが普通ですから、最新のものを取得して提出してください。費用がかかるからと、古い証明書を提出してはいけません。

頻繁に法令改正のある国の方は、注意が必要です。