特定技能ビザで外国人を受け入れる場合は、外国人を支援する者（所属機関）が必要です。
そのための第三者期間として、登録支援機関があります。
登録支援機関を使わずに、自社を所属機関として在留資格「特定技能」の申請はできます。

自社の職員で外国人の方の生活支援等まで行うケースです。

その場合、大手企業なら特に問題になりませんが、中小企業の場合は指揮命令関係にある者が支援責任者や支援担当者になれないことです。

従業員数が数名で少ない場合など、どうしても指揮命令関係が生じてしまいます。

支援責任者や支援担当者には中立性が求められますので、技能実習とは全く異なる制度になっています。

外国人の方が何でも相談できるように、中立性の担保をしてから申請してください。

従業員数が２、３名などであれば、費用はかかっても登録支援機関の利用を考えたほうが良いかもしれません。
上記のケースであれば、申請前に入管から登録支援機関利用のアドバイスを受けると思われます。