質問の前提は、短期滞在で入国して日本人配偶者等ビザへの変更申請をしたパターンです。

「特別な事情」が必要で、難易度が高い旨は、以前に記載したかと思います。

結論としては、在留期間の延長はなされません。

在留期限が来れば、出国しなければなりません。

夫婦が離れがたいのは理解できますが、やむを得ません。

短期滞在中に在留資格認定証明書交付申請を行った場合でも、延長はされません。

とにかく、短期滞在では在留期限の延長はないと、お考えください。

短期滞在はその名の通り、短期で滞在するための資格です。

そもそも、結婚して長期滞在すること自体が、例外になります。